Основательницей и первой настоятельницей московской Марфо-Мариинской обители милосердия была великая княгиня Елизавета Федоровна. После смерти мужа она полностью удалилась от мирской жизни и разделила драгоценности на три части: первая была возвращена казне, вторая отдана ближайшим родственникам, третья пошла на благотворительность и на создание Марфо-Мариинской обители, для которой на Большой Ордынке княгиня приобрела большой участок с садом.
В обитель принимали православных девушек и женщин от 21 до 45 лет. Здесь были устроены две церкви, часовня, бесплатные больница, аптека, амбулатория, столовая, воскресная школа, приют для девочек-сирот и библиотека.
В 1908 году на Большой Ордынке состоялась закладка соборного храма во имя Покрова, который строился архитектором Щусевым в стиле модерн. Расписывать храм Елизавета Федоровна пригласила выдающихся художников Михаила Нестерова, его ученика Павла Корина и известного скульптора Сергея Коненкова. Открылась обитель в 1909 году.
Сразу после революции обитель не трогали и даже помогали с продовольствием и медикаментами. Но в апреле 1918 года настоятельница была арестована, а через какое-то время закрыли и обитель.
В советское время здесь открылся кинотеатр, потом дом санитарного просвещения, а после войны - даже кабинет лечебной физкультуры. На территории установили памятник Сталину.
Возрождение Марфо-Мариинской обители милосердия началось в 1992 году, когда постановлением столичного правительства архитектурный комплекс был передан Московской патриархии, а в конце 2006 года церкви были возвращены ключи от собора Покрова Богородицы.