В 1791 году при Московском Императорском университете был основан Кабинет натуральной истории, со временем превратившийся в Зоологический музей. В начале ХХ века для него было построено специальное здание на Большой Никитской улице, которое и по сей день принадлежит музею.
Экспозиция посвящена только современным животным, если не считать полного скелета мамонта, который встречает посетителей у лестницы на второй этаж. Все ископаемые останки были переданы в московский Палеонтологический музей. На первом этаже музея, в нижнем зале, сосредоточено основное разнообразие животных, от одноклеточных до рептилий. Над ним находится верхний зал, целиком занятый птицами и млекопитающими. Там же помещается зал сравнительной анатомии или костный зал, экспозиция которого посвящена показу внутреннего строения позвоночных животных.
Ежегодно музей посещают 180–200 тысяч человек, проводится почти 1700 экскурсий. Большой популярностью у детей и даже взрослых пользуется научный террариум. А еще здесь работает биолекторий. Посетив его, можно узнать, откуда у жирафа пятна, кто живет на дне океана и получить ответы на многие другие вопросы. Также здесь проходят интерактивные занятия, на которых можно поработать с натуральными объектами.
В коридоре второго этажа расположена экспозиция "Зоологический музей в истории Московского университета ", посвященная истории музея от момента его основания до наших дней. В фойе и залах представлены произведения выдающихся отечественных художников-анималистов.